Francie signale à Sark que la CIA pense que Will est la taupe. Informée par Sark, Irina refuse d'autoriser Francie à exécuter Will mais approuve le piège qu'il prépare. Francie hypnotise Will et imprime sur rétine les marques typique du "double".
Jack, qui soupçonne Will d'avoir volé les bandes de l'intervention en Toscane et d'être le double, le fait arrêter pour espionnage, puis il montre à Syd et Vaughn une enregistrement digital trouvé en possession de Will - Syd et Vaughn ennsemble dans la chambre. Plus tard, Sydney annonce à un Will terrorisé que son scanner occulaire révèle une accumulation de protéines - la preuve qu'il est le double recherché. Pour le tester, Sydney lui demande dans quelle pièce ils se sont embrassés mais il est incapable de s'en souvenir, Francie ayant effacé sa mémoire de façon sélective. Sydney révèle ensuite ses véritables activités à Fran, pensant que celle-ci doit être protégée.
Lorsque les empreintes de Will sont découvertes sur le détonateur qui a permis de tuer Diane, Dixon lui rend visite. Will ne parvient pas à le convaindre de son innocence et Dixon manque de l'étrangler. Sur ordre du ministère de la justice, Will doit être transferé en prison, à Camp Harris. Sark dit à Francie qu'afin de maintenir sa couverture, elle va devoir tuer Will. Jack confronte Kendall qui, dans son dos, s'est arrangé avec le ministère pour faire transférer Will.
La CIA a localisé le Dr Hans Jurgen, le créateur de l'équipement du projet Helix, et pense qu'il peut connaître l'identité du second double. Dans un club "spécial" à Bertlin, Sydney habillée façon dominatrice, attache Jurgen pendant que Vaughn prend des photos. Sous la menace du chantage, Jurgen jure qu'il ignore qui est le double mais dit que les données concernant son ADN sont stockées sur un serveur en Europe.
Le convoi transportant Will en prison est attaqué, et alors que Dixon repousse les agresseurs, Will s'évade. Il appelle Sydney, qui dit vouloir l'aider, mais Will répond qu'il ne peut pas lui faire confiance, qu'elle adétruit son existence et qu'il aimerait qu'ils ne se soient jamais rencontrés. Déterminée à lui apporter de l'aide malgré tout, Sydney emntionne ne serveur. Will dit que ses recherches lui ont appris que Markovic possédait de la terre à Marseille et que le serveur pourrait se trouver là.
Irina demande à un de ses contacts les plans d'un bâtiment de stockage du gouvernement et elle fait remarqué à Sark que la NSA dispose d'un système de sécurté perfectionné. Celui-ci reconnaît avoir organisé l'assaut contre le convoi de Will, qui étant désormais en fuite. Sark suggère que s'ils récupéraient à Marseille les infos sur le double, ils pourraient les échanger contre la clef d'accès sécurisée de la NSA.
De ses observations, Jack déduit que les empreintes de Will ont été placées sur le détonateur après que celui-ci ait été nettoyé. Il s'arrange pour envoyer Sydney à Marseille à l'insu de Kendall, tout en sachant que celui va lui faire perdre son poste de directeur au profit de Kendall. Contre toute attente, Sloane vient voir Jack dans un restaurant : il lui dit qu'il lui pardonne de l'avoir trahi, ce à quoi Jack répond que leur amitié a pris fin lorsqu'il a recruté Sydney. Sloane reconnaît que c'était une erreur et demande à Jack de s'associer avec lui pour la prochaine phase de sa quête concernant Rambaldi - promettant que Sydney ne sera pas impliquée. Jack refuse mais Sloane lui dit qu'ils travailleront de nouveau ensemble.
A Marseille, le but de Syndey est d'empêcher le chef de la sécurité d'activer un virus qui détruirait les données stockées sur le serveur. Faisant croire aux gardes qu'il est ivre, Vaughn lui permet de se fuafiler à l'intérieur. Elle y découvre Irina qui a tué un garde : devant Sydney, elle détruit les informations. Elle les a copiées et transferées en lieu sûr et les remettra à Sydney en échange d'une faveur.
Will appelle Fran, pensant qu'il peut lui faire confiance. Elle vient le chercher en voiture et ils s'en vont.
Sources : ALIAS DSB et ALIAS MEDIA
'